1 - Primeiro, envie o arquivo ".jar" para o seu servidor de minecraft, seguindo o artigo abaixo:
Enviando arquivos, plugins, mundos e mods para a pasta do servidor de Minecraft
2 - Depois de enviar, renomeie o arquivo para "server.jar"
3 - No menu lateral, clique em "Inicialização", e em seguida, preencha o campo "ARQUIVO JAR" com "server.jar".
4 - Agora, basta iniciar o seu servidor.